萨迦寺，始建于北宋熙宁六年（1073年），萨迦寺名中的“萨”藏语意为“土”，“迦”藏语意为“灰白色”，“萨迦”意即“灰白土”。因本波山腰有一片灰白色岩石，长年风化如土状而得名。萨迦寺分南北两寺，以仲曲河为界，北寺位于北岸的苯波山前，曾遭受了巨大的损毁。现在看到的萨迦寺是南寺。寺中珍品浩瀚，文物繁多，尤以元代的壁画很有特色。由萨迦派创始人昆·贡却杰布主持兴建。它采用象征文殊菩萨的红色、象征观音菩萨的白色和象征金刚手菩萨的青色涂饰墙壁，因此被称为“花教”。
萨迦寺是藏传佛教萨迦派的主寺，在元朝时期达到了鼎盛。元朝皇帝曾封萨迦寺住持八思巴为国师，并统领西藏地方政教事务。萨迦派对发展藏族文化起过重要的作用，在元朝时期，萨迦派的一些高僧在文学和史学方面都有不少的译著和作品留传下来，如萨班的《萨迦格言》、八思巴的《彰所知论》都是影响深远的名著。
萨迦寺有四件珍奇的宝物，
贡布古如（由竹青白瓦巴从印度请来的依怙神像）
朗结曲丹（由大译师帕白洛扎瓦修建的佛塔，塔里经常出水，被视为神水）
文殊菩萨像（系萨班的本尊像，据说在像前念七天文殊经就能打开智慧之门）
玉卡姆度母像（八思巴供奉的本尊佛像），四大奇宝中三件是佛像。
萨迦寺有精美壁画3000多幅，题材广泛涉及宗教、历史、文化和社会生活等方面，以佛经、教义、神话传说、历史故事、昆氏史、萨迦史、山水景观、花卉瑞兽、装饰图案等为主，场面宏大，内容丰富。
金廓拉康坛城壁画
即“坛城日殿壁画”，位于拉康钦莫大殿二层西回廊，墙上坛城壁画是迄今萨迦寺最早最完整的壁画，绘于13世纪末。金廓拉康共有壁画坛城63座，其中大坛城20座，直径2.55至2.7米；小坛城43座，直径约0.6米，分布于大坛城四周，相间山水、祥云、佛陀、菩萨、侍女等图像。该拉康坛城壁画，是我国元代绘画艺术珍贵的文化遗产。
释迦牟尼传记画
位于拉康钦莫大殿内之大经堂东壁，壁画淋漓尽致地描述了释迦牟尼佛一生的经历。壁画自他为拯救人类痛苦乘象下凡入胎画起，接着为腋下降生、七步生莲、比武伏象、王子出行、夜半逾城、六年苦修、降魔成道、传经弘法、历经十难、佛祖涅磐、分取舍利等情节。尤以相间绘制的8尊等身像最为引人注目，两侧2尊为立像，右手下垂施与愿印，左手于胸前施无畏印；其余6尊皆结跏趺坐，手分别施与愿印、禅定印、降魔印、说法印等。整幅画面长达66米，如此鸿篇巨幅的佛传连环画实属罕见。
萨迦寺，海拔约4310米，一般不存在高原反应。要想拍摄两江环抱寺庙和周围鳞次栉比的僧房和藏式民房组成的壮观景色，需要到镇对面的达玛拉大山的山腰，可以在乘车路过时停下拍摄，那里可以很容易就选到好的角度。
